所以，直到9月7日，日军才决定对嘉义发起进攻。
这给了周宪章从容应对的时间。七天时间里，周宪章在嘉义加紧修筑工事。他把城东的诸罗山打造成了一个火力支撑点，让郭二杆率领一个加强营，带着五门野炮上了诸罗山。同时，在城北的朴子溪构筑第一道防线，命颜琼林率一个营驻守；以嘉义城墙为第二道防线，自己率一个团和十门大炮亲自坐镇。那哈五则是率剩余的两个营，作为预备队，驻扎在城南八掌溪。
丘蓬甲和吴彭年则是八方动员嘉义百姓修筑工事。两人在台湾都很有些名望，他们出面号召，数千嘉义百姓踊跃前来，很快就把嘉义建造成了一座大堡垒。从诸罗山、朴子溪到嘉义城，战壕地堡星罗棋布，到处都是章军的火力点，章军坐守在地堡中，以逸待劳，这座平原上的城市，真的变成了一座要塞。
9月7日，日军先头部队开始向朴子溪发起进攻，一天的战斗打下来，日军就如同撞在了铜墙铁壁上，头破血流。
章军不仅工事坚固，而且，火力异常凶猛。嘉义城和诸罗山上的炮火，覆盖朴子溪日军的必经之路，日军付出巨大代价，好不容易登上了朴子溪南岸，马上遭到马克沁重机枪核加特林机关炮的截击，成片的日军被打倒在河滩上。日军的鲜血，染红了朴子溪。而据守在溪边的颜琼林所部，却是损失极小。
马克沁重机枪、加特林机关炮成了日军的的噩梦。日军炮兵千方百计寻找重机枪火力点。但是，在周宪章的教导下，重机枪班的士兵们都成了兵油子，防御工事四通八达，士兵们打一阵子，就顺着战壕换个地方，日军炮火往往扑空。
只有加特林机关炮太过笨重，很难转移阵地。但是，章军的机关炮炮位上覆盖了坚硬的花岗石，日军的炮火砸在花岗石上，只是打出一个白点。而且，诸罗山的章军的野炮，对日军的大炮进行火力压制，日军很难组织起强大的炮火。
三天下来，日军强攻部队损失惨重，朴子溪河滩上，散布着七、八百日军尸体。
九月的气候炎热，尸体发出的刺鼻的腐臭，驻守在朴子溪边的颜琼林所部，顶住了日军三天的猛攻，却顶不住那刺鼻的腐臭，三天下来，战斗伤亡才三十多人，竟然病倒了两百多人，上吐下泻，苦不堪言，病员马上转移到了设在嘉义城弥陀禅寺里的野战医院。而留在阵地上的官兵，体质也是越来越虚弱。
野战医院是章军的一个新的作战单位，由上海红十字会的志愿者组成，院长就是玛丽麽麽。
周宪章在上海“复活”后，开始准备渡海作战，准备工作千头万绪，但周宪章最为看重的一点，是组建章军自己的战地医疗保障系统。作为二十一世纪的兵，他非常清楚，一场现代化战争，没有医疗保障是不可想象的。在甲午战争中，章军穷得叮当响，没有战场救护，很多时候，只能眼睁睁看着很多受伤的弟兄，血流而尽而死！这对周宪章的刺激太深了。所以，周宪章在上海盘桓了一个月，以总理衙门大臣的名义，命令上海道台黄遵宪，购买药品，征召医护人员，建立野战医院。
黄遵宪很是卖力。不仅出钱向洋人购买了大批药品器械，而且，八方游说，动员上海的医疗界出人组建医疗队加入章军，上海的医院大多是洋人开设的，里面的医生护士都受过良好的医学教育，医术高明，非常敬业，他们大多数人都有教会和红十字会的背景，医德高尚，听说章军要去台湾，马上就有一百多人报名，红十字会听说后，也派出了一个二十多人的医疗队，队长就是玛丽麽麽，周宪章认识玛丽麽麽，知道她是个心地善良的好心人，而且，红十字会在国际上很有影响力，周宪章就让玛丽麽麽担任院长。
野战医院初具规模后，周宪章雇了一艘海船，把整个医院运送到了马尾军港，随章军主力行动。
在安平港，章军野战医院第一次行动，就让人刮目相看。不过，令人啼笑皆非的是，野战医院救治的第一批伤员，不是章军官兵，而是日本人。
野战医院的医护人员冒着枪林弹雨，跟随冲锋的士兵们奋勇向前，见着伤员就救。那一仗章军打德太漂亮，伤亡甚微。结果，一天下来一清点，这才发现，救治了十二个章军伤兵，却救了三百八十四个日军伤兵。章军伤兵连日军的零头都没有。
野战医院里的医护人员有三分之一都是洋鬼子，其他中国医护人员，绝大多数都受过西方教育。他们不管什么敌我，只要是战场伤兵，见着就救。这么多伤兵，医护人员人手少，抬不过来，玛丽麽麽请求章军士兵帮忙，可章军官兵们，见是日本伤兵，全都袖手旁观，任凭玛丽麽麽说破了嘴皮子，也不理。气的玛丽麽麽向罗鸣芳提出强烈抗议，说是要到国际红十字会那里去告状！
罗鸣芳觉得好笑，国际红十字会是个什么东西，还敢来管章军的事？看着这个洋老太婆一副不依不饶的样子，罗鸣芳无奈，只得让李国革的海军陆战队，派了一个连，配属野战医院，一则负责医院的安全，二则，负责抬那些日本伤兵。
安平一战后，章军各部汇报战果，玛丽麽麽也把野战医院的“战果”报了上去：救治伤员三百九十六人。罗鸣芳一看，脑袋就大了，别的部队报的都是打死多少日本兵，可玛丽麽麽居然救了三百多日本人，还他娘的“战果”！
罗鸣芳把玛丽麽麽上报的战果扣留不发，不予表彰。玛丽麽麽再次大怒，派人跑到嘉义，要周宪章来评理。周宪章随即命令罗鸣芳，给野战医院记头功！功劳在所有部队之上！道理很简单：救人比杀人更难！救人一命胜造七级浮屠，野战医院救了将近四百人，造了多少级浮屠，你罗鸣芳自己去算！